Le Japon se prépare à accueillir les Jeux Sportifs Mondiaux (JSM) à Tokyo. A l'approche du grand événement, un nouveau train à très grande vitesse, bijou de la technologie japonaise capable d'atteindre les 1000 km/h, est inauguré. Cependant, une série d'événements mystérieux se produisent dans la ville et Conan, le fameux détective, soupçonne un lien entre l'organisation des Jeux et une série d'enlèvements survenue lors des JSM de Boston, 15 ans auparavant...